Carlos Salvador, José Iranzo, Carlos Laborda, Manuel Orraban, José Ignacio Lacámara y José María Sánchez, un grupo de amigos y socios del CN Helios, fundaron el Colo Colo para competir en la Liga Social de fútbol de Helios.
No fue hasta 1980 cuando el Colo empezó a jugar a fútbol sala. Fue gracias a Luis Rasal y Cristóbal Arjol, dos pilares fundamentales en la historia de nuestro club. Dirigidos por Carlos Salvador, el Colo se proclama campeón de Liga en su primera temporada con 21 victorias y un empate en 22 jornadas, logrando de esta forma el ascenso a 1ª Senior.
El Colo se fue consolidando como uno de los equipos referentes de Aragón y, en 1987, conquista el Campeonato de Aragón al vencer en la final al Atlético Aragón por 6-5, siendo este el primer título importante en la historia del club.
En junio del 2007, Alberto Meseguer toma el relevo de Pepe Bentué en la presidencia del club. El Colo, que contaba con un equipo senior y otro juvenil, incrementa su estructura deportiva con uno infantil y un cadete.
En la temporada 2010/2011, se gana la Liga Nacional Juvenil con Antonio Albero como entrenador y, un curso más tarde, se asciende con el primer equipo a Segunda División ‘B’.
En las temporadas 2014/2015 y 2016/2017 el Colo gana la Liga pero pierde en el ‘Play-Off’ de ascenso a Segunda División, primero frente al Cidade de Narón y, posteriormente, ante el Bisontes Castellón. Finalmente, con Alfonso Rodríguez al frente del banquillo, el Colo asciende tras superar en la eliminatoria de ascenso al Manresa por un global de 11-8.
En la temporada 2018/2019 el Colo consigue la permanencia en Segunda División en la última jornada, y el juvenil dirigido por Carlos Sampedro conquista la Liga.
